| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
|
Data corrente: |
16/06/2016 |
|
Data da última atualização: |
09/05/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
PÉRTILLE, F.; BOSAGNA, C. G.; SILVA, V. H. da; BOSCHIERO, C.; NUNES, J. de R. da S.; LEDUR, M. C.; JENSEN, P.; COUTINHO, L. L. |
|
Afiliação: |
FÁBIO PÉRTILLE, ESALQ; CARLOS GUERRERO BOSAGNA, Linköping University; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, ESALQ; CLARISSA BOSCHIERO, ESALQ; JOSÉ DE RIBAMAR DA SILVA NUNES, ESALQ; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; PER JENSEN, Linköping University; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ. |
|
Título: |
High-throughput and cost-effective chicken genotyping using next-generation sequencing. |
|
Ano de publicação: |
2016 |
|
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 6, n. 26929, 2016. |
|
DOI: |
10.1038/srep26929 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Chicken genotyping is becoming common practice in conventional animal breeding improvement. Despite the power of high-throughput methods for genotyping, their high cost limits large scale use in animal breeding and selection. In the present paper we optimized the CornellGBS, an efficient and costeffective genotyping by sequence approach developed in plants, for its application in chickens. Here we describe the successful genotyping of a large number of chickens (462) using CornellGBS approach. Genomic DNA was cleaved with the PstI enzyme, ligated to adapters with barcodes identifying individual animals, and then sequenced on Illumina platform. After filtering parameters were applied, 134,528 SNPs were identified in our experimental population of chickens. Of these SNPs, 67,096 had a minimum taxon call rate of 90% and were considered ?unique tags?. Interestingly, 20.7% of these unique tags have not been previously reported in the dbSNP. Moreover, 92.6% of these SNPs were concordant with a previous Whole Chicken-genome re-sequencing dataset used for validation purposes. The application of CornellGBS in chickens showed high performance to infer SNPs, particularly in exonic regions and microchromosomes. This approach represents a cost-effective (~US$50/sample) and powerful alternative to current genotyping methods, which has the potential to improve wholegenome selection (WGS), and genome-wide association studies (GWAS) in chicken production. |
|
Thesagro: |
Avicultura; Melhoramento genético animal; Produção animal. |
|
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Poultry production. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/144504/1/final8219.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02269naa a2200277 a 4500
001 2047245
005 2018-05-09
008 2016 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1038/srep26929$2DOI
100 1 $aPÉRTILLE, F.
245 $aHigh-throughput and cost-effective chicken genotyping using next-generation sequencing.$h[electronic resource]
260 $c2016
520 $aChicken genotyping is becoming common practice in conventional animal breeding improvement. Despite the power of high-throughput methods for genotyping, their high cost limits large scale use in animal breeding and selection. In the present paper we optimized the CornellGBS, an efficient and costeffective genotyping by sequence approach developed in plants, for its application in chickens. Here we describe the successful genotyping of a large number of chickens (462) using CornellGBS approach. Genomic DNA was cleaved with the PstI enzyme, ligated to adapters with barcodes identifying individual animals, and then sequenced on Illumina platform. After filtering parameters were applied, 134,528 SNPs were identified in our experimental population of chickens. Of these SNPs, 67,096 had a minimum taxon call rate of 90% and were considered ?unique tags?. Interestingly, 20.7% of these unique tags have not been previously reported in the dbSNP. Moreover, 92.6% of these SNPs were concordant with a previous Whole Chicken-genome re-sequencing dataset used for validation purposes. The application of CornellGBS in chickens showed high performance to infer SNPs, particularly in exonic regions and microchromosomes. This approach represents a cost-effective (~US$50/sample) and powerful alternative to current genotyping methods, which has the potential to improve wholegenome selection (WGS), and genome-wide association studies (GWAS) in chicken production.
650 $aAnimal breeding
650 $aPoultry production
650 $aAvicultura
650 $aMelhoramento genético animal
650 $aProdução animal
700 1 $aBOSAGNA, C. G.
700 1 $aSILVA, V. H. da
700 1 $aBOSCHIERO, C.
700 1 $aNUNES, J. de R. da S.
700 1 $aLEDUR, M. C.
700 1 $aJENSEN, P.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
773 $tScientific Reports$gv. 6, n. 26929, 2016.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 50 | |
| 1. |  | BOSCHIERO, C.; NONES, K.; ROSÁRIO, M. F.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; MOURA, A. S. M. T. Análise de meio-irmãos para o mapeamento fino de uma região associada a QTLs no cromosso 1 da galinha. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Anais. Salvador: SBG, 2008 p. 241. Projeto/Plano de Ação: 01.02.10.210-10.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
|   |
| 2. | | BOSCHIERO, C.; NONES, K.; ROSÁRIO, M. F. do; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; MOURA, A. S. A. M. T. Mapeamento fino de uma região associada a QTLs no cromossomo 1 da galinha. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 7., 2008, São Carlos, SP. Anais. São Carlos, SP: SBMA, 2008. 4 p. Projeto/Plano de Ação: 01.02.102.10-10.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 4. | | FELÍCIO, A. M.; BOSCHIERO, C.; SILVA, N. A.; LEDUR, M. C.; JORGE, E. C.; COUTINHO, L. L. Identificação de polimorfismos nos genes MC4R, FGFBP1 e FGFBP2 em galinhas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010. Resumos. Guarujá: SBG , 2010. p. 80. Projeto/Plano de Ação: 01.06.10.602-02.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 5. | | MOREIRA, G. C. M.; PÉRTILLE, F.; GODOY, T. F.; BRASSOLOTI, R.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L. Discovery of candidate genes for fatness in chickens based on genotyping with 600K SNP chip in a QTL region. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 60., 2014, Guarujá. Resumos? Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 64| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
|  |
| 6. | | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L. Single nucleotide polymorphism associated with breast trait in chickens. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l. : s.n.], 2018. Paper 29820. Organizers: Sébastien Praud and Kellye Eversole. PAG XXVI.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 7. | | BOSCHIERO, C.; CAMPOS, R. L. R.; AMBO, M.; ROSÁRIO, M. F.; NONES, K.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; MOURA, A. S. A. M. T. Associações entre marcadores microssatélites do cromossomo 13 e características de desempenho, carcaça e órgãos em galinhas. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE AVICULTURA, 20., 2007, Porto Alegre. Memorias. Porto Alegre: UBA : FIERGS, 2007. p. 255-257. Projeto n. 01.02.10.210-10.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 9. | | BOSCHIERO, C.; JORGE, E. C.; NINOV, K.; NONES, K.; ROSÁRIO, M. F. do; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C.; BURT, D. W.; MOURA, A. S. A. M. T. Association of IGF1 and KDM5A polymorphisms with performance, fatness and carcass traits in chickens. Journal of Applied Genetics, 6 dez. 2012. Projeto: 01.06.01.006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
|  |
| 10. | | BOSCHIERO, C.; ROSÁRIO, M. F.; LEDUR, M. C.; CAMPOS, R. L. R.; AMBO, M.; COUTINHO, L. L.; MOURA, A. S. A. M. T. Associations between microsatellite markers and traits related to performance, carcass and organs in chickens International Journal of Poultry Science, v. 8, n. 7, p. 615-620. 2009. Disponível em: . Acesso em: 09 fev. 2010 Projeto/Plano de Ação: 01.02.102.10-10| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 11. | | ROSÁRIO, M. F. do; GAZAFFI, R.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T.; BOSCHIERO, C.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. F. G. QTL's mapeados para características de desempenho na galinha através do mapeamento por intervalo composto com modelo misto. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 7., 2008, São Carlos, SP. Anais. São Carlos, SP: SBMA, 2008. 4 p. Projeto/Plano de Ação: 01.02.102.10-10.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 12. | | MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; BOSCHIERO, C.; NONES, K.; PINTO, L. F. B.; JAENISCH, F. R. F.; BURT, D. W.; COUTINHO, L. L. Quantitative trait loci with sex-specific effects for internal organs weights and hematocrit value in a broiler-layer cross. Journal of Applied Genetics, v. 57, n. 2, p. 215–224, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 13. | | BOSCHIERO, C.; JORGE, E. C.; NINOV, K.; SILVA, N. A.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; MOURA, A. S. A. M. T. Poliformismos de base única (SNP) no gene IGF1 na galinha In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringá: SBZ: UEM, 2009. 1 CD-ROM. Projeto/Plano de Ação: 01.02.102.10-10| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 14. | | FELÍCIO, A. M.; BOSCHIERO, C.; SIVA, N. A.; ANDRADE, J. L. F.; BALIEIRO, J. C.; MICHELAN FILHO, T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L. Polymorphism in the FGFBP1 gene is associated with performance, carcass and meat quality traits in broilers. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 57., 2011, Águas de Lindóia. Resumos. Águas de Lindóia: SBG, 2011. p. 213. Projeto/Plano de Ação: 01.06.10602-03.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 15. | | FELÍCIO, A. M.; BOSCHIERO, C.; BALIEIRO, J. C. C.; LEDUR, M. C.; FERRAZ J. B. S.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L. Polymorphisms in FGFBP1 and FGFBP2 genes associated with carcass and meat quality traits in chickens. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 12, n. 1, p. 208-222, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 16. | | ROSÁRIO, M. F.; MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. F. Precision of distances and ordering of microsatellite markers in consensus linkage maps of chromosomes 1,3 and 4 from two reciprocal chicken populations using bootstrap sampling. Genetics and Molecular Research, v. 9, n. 3, p. 1357-1376, 2010. Disponível em: . Acesso em: 18 fev 2011. Projeto/Plano de Ação: 02.09.70.600-01.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
|  |
| 17. | | ROSÁRIO, M. F.; MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; GARCIA, A. A. F.; COUTINHO, L. L. Precision of distances and orders of microsatellite markers in a genetic linkege map of chromosome 1 using bootstrap resampling. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 9. 2010, Leipzig. Abstracts. Leipzig: Gesellschaft fur Tierzuchtwissenschaften, 2010. p.316 Projeto: 01.06.01.006| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 18. | | CAMPOS, R. L. R.; AMBO, M.; ROSÁRIO, M. F.; MOURA, A. S. A. M. T.; BOSCHIERO, C.; NONES, K.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L. Potential association between microsatellite markers on chicken chromosomes 6, 7 and 8 body weight International Journal of Poultry Science, v. 8, n. 7, p. 696-699, 2009. Disponível em: . Acesso em 17 fev. 2011. Projeto/Plano de Ação: 01.06.106.05-09.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 19. | | ROSÁRIO, M. F.; MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; NONES, K.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. F. Mapa consenso brasileiro do cromossomo 1 oriundo de cruzamentos recíprocos entre linhagens de corte e postura. In: CONFERÊNCIA FACTA DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA AVÍCOLAS, 27., 2009, Porto Alegre. Anais [dos] trabalhos de pesquisa José Maria Lamas de Silva. [Campinas]: FACTA, 2009. Projeto/Plano de Ação: 01.02.10.210-10. Publicado em CD-ROM (CD00156).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 20. | | ROSÁRIO, M. F.; LEDUR, M. C.; BOSCHIERO, C.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. F. Mapeamento de QTLs para características de desempenho em galinhas. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE AVICULTURA, 20., 2007, Porto Alegre. Memorias. Porto Alegre: UBA : FIERGS, 2007. p. 272-274. Projeto n. 01.02.10.210-10.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| Registros recuperados : 50 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
